Распределение поступающей оплаты по ЕПД производится пропорционально на все коммунальные услуги, включённые в платежный документ (абз. 3 п. 118 Правил предоставления коммунальных услуг собственникам и пользователям помещений в многоквартирных домах и жилых домов, утверждённых постановлением Правительства РФ от 06.05.2011 №354):

Если потребитель частично (не в полном объеме) оплачивает коммунальные услуги по ЕПД, то полученные денежные средства делятся между всеми видами коммунальных услуг пропорционально размеру каждой начисленной платы.

Если в ЕПД включена информация о задолженности и внесенных по нему средств недостаточно для оплаты текущих начислений и погашения долга, в приоритетном порядке средства направляются на погашение задолженности и только после этого — на оплату текущих начислений.
Таким образом, если плательщик вносит сумму меньше начисленной, задолженность образуется по всем услугам.